淋巴瘤進(jìn)行哪些基因檢測(cè)可以輔助診療？

新的淋巴瘤分類（成熟淋巴腫瘤國際共識(shí)分類和第5版WHO淋巴腫瘤分類）將遺傳學(xué)作為淋巴瘤診斷的一個(gè)組成部分，促使更好的淋巴瘤細(xì)分，患者風(fēng)險(xiǎn)分層和治療反應(yīng)預(yù)測(cè)。淋巴瘤存在一些高頻疾病特異性突變，大多數(shù)亞型具有異質(zhì)性分子圖譜，突變基因很多。其中大多數(shù)發(fā)生頻率較低，反映了淋巴瘤的臨床異質(zhì)性。多項(xiàng)研究識(shí)別了改善診斷和預(yù)后的分子標(biāo)志物，NGS正成為臨床實(shí)驗(yàn)室的重要工具。本綜述為淋巴瘤提供了NGS指導(dǎo)。討論了常見的成熟淋巴瘤亞型中具有診斷、預(yù)后和預(yù)測(cè)潛力的基因變異，并提出了用于B細(xì)胞和NK/T細(xì)胞淋巴瘤突變和拷貝數(shù)變異檢測(cè)的靶向測(cè)序panel。

研究背景

成熟淋巴瘤（霍奇金淋巴瘤（HL）和非霍奇金淋巴瘤（NHL））是常見的血液系統(tǒng)實(shí)體腫瘤。隨著高通量分子檢測(cè)的開展，對(duì)淋巴瘤分子特征的了解加深。淋巴瘤的分類仍然主要基于形態(tài)學(xué)、免疫表型和一些遺傳特征。成熟淋巴瘤的新分類，成熟淋巴腫瘤國際共識(shí)分類（ICC）和第5版世界衛(wèi)生組織（WHO）淋巴腫瘤分類，已經(jīng)納入了新開發(fā)的技術(shù)來改善淋巴瘤分類，分子變異現(xiàn)在是淋巴瘤診斷標(biāo)準(zhǔn)的一部分。

正在使這些高通量技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)化，以實(shí)現(xiàn)其全面和成功的臨床應(yīng)用，但關(guān)于測(cè)序方法仍然存在很多爭議。關(guān)鍵的問題之一是測(cè)序panel的選擇和組成。理想的panel應(yīng)有助于診斷、預(yù)后、治療選擇和監(jiān)測(cè)，但要足夠小，以便廣泛和統(tǒng)一使用。對(duì)整個(gè)外顯子組或基因組進(jìn)行測(cè)序的能力正在穩(wěn)步增長。盡管如此，定制panel是目前擴(kuò)大此方法適用性的可及的選擇。這些靶向panel能夠以較高的靈敏度和較低的成本深入地分析少量基因?？梢允褂没跀U(kuò)增子或捕獲的測(cè)序panel?；诓东@的panel不僅可以檢測(cè)單核苷酸變異（SNV）和插入缺失（indel），還可以檢測(cè)拷貝數(shù)變異（CNA）和一些結(jié)構(gòu)變異。然而，結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)需要進(jìn)一步改善。此外，樣本管理、panel組成、測(cè)序程序、生物信息學(xué)分析和變異解釋的標(biāo)準(zhǔn)化對(duì)于開發(fā)有用的臨床工具至關(guān)重要。

本綜述旨在總結(jié)各種淋巴瘤亞型的重要分子特征，描述與每種亞型相關(guān)的基因，大規(guī)模測(cè)序或NGS panel可包含這些基因。

成熟B細(xì)胞淋巴瘤

慢性淋巴細(xì)胞白血病

慢性淋巴細(xì)胞白血病（CLL）是一種低級(jí)別淋巴組織增生性疾病，其特征是血液、骨髓、淋巴結(jié)和脾臟中成熟（通常CD5+）B細(xì)胞克隆性增殖和積蓄。

超過80%的CLL患者存在一些細(xì)胞遺傳學(xué)異常，根據(jù)熒光原位雜交（FISH）檢測(cè)結(jié)果將患者分為不同的風(fēng)險(xiǎn)組：約55%的患者發(fā)生13號(hào)染色體長臂缺失（del（13q））；12號(hào)染色體三體是第二常見的染色體異常（發(fā)生率為10%-20%）；約25%的未接受過化療的晚期患者和10%的早期疾病患者伴有11號(hào)染色體長臂缺失（del（11q））；5-8%的未接受過化療的患者伴有17號(hào)染色體短臂缺失（del（17p））。只有del（17p）被認(rèn)為是不良預(yù)后因素。CLL中其他常見的異常包括6q缺失（5%）和2p擴(kuò)增（5-16%）等。

免疫球蛋白重鏈可變區(qū)（IGHV）體細(xì)胞超突變（SHM；IGHV序列相似性<98%，突變的CLL，M-CLL）的預(yù)后優(yōu)于沒有突變（未突變的CLL，U-CLL）。發(fā)現(xiàn)，在CLL中發(fā)生率約為5-15%的IGLV3-21R110突變可導(dǎo)致預(yù)后不良，與IGHV突變狀態(tài)無關(guān)。TP53突變見于4-37%的CLL患者，可以單獨(dú)發(fā)生，也可以與del（17p）共存，后者更常見。TP53突變與對(duì)化療敏感性較低和總生存期（OS）較短有關(guān)。NGS研究識(shí)別了其他與預(yù)后相關(guān)的基因突變，如BIRC3，NOTCH1，SF3B1，MYD88，ATM，FBXW7，POT1，NFKBIE，CHD2，RPS15，IKZF3，ZNF292，ZMYM3，ARID1A和PTPN11。

Richter轉(zhuǎn)化定義為CLL轉(zhuǎn)化為侵襲性淋巴瘤，常見的是彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤（DLBCL）。這些患者對(duì)傳統(tǒng)化療的反應(yīng)通常比新發(fā)DLBCL差。此外，其突變模式與DLBLC，非特指型（NOS）不同。Richter轉(zhuǎn)化的風(fēng)險(xiǎn)與既往治療、U-CLL、NOTCH1突變、del（17p）和del（11q）有關(guān)。

BTK、PLCG2和CARD11突變與BTK抑制劑耐藥有關(guān)，BCL2突變與維奈克拉耐藥有關(guān)。因此，CLL在免疫化療和靶向治療之間的選擇很大程度上取決于17p/TP53和IGHV狀態(tài)。盡管治療選擇并不嚴(yán)格要求測(cè)序數(shù)據(jù)，但這些數(shù)據(jù)應(yīng)納入決策和隨訪。如上所述，一些分子變異是預(yù)后不良因素，似乎導(dǎo)致對(duì)常規(guī)化療的反應(yīng)較差，在考慮基于BTK或BCL2抑制劑的其他治療方案時(shí)可能會(huì)有所幫助。

淋巴漿細(xì)胞淋巴瘤/華氏巨球蛋白血癥

淋巴漿細(xì)胞淋巴瘤/華氏巨球蛋白血癥（LPL/WM）是一種罕見的低級(jí)別B細(xì)胞淋巴瘤，年發(fā)病率為3-4例/百萬人，特征為克隆性淋巴漿細(xì)胞骨髓浸潤和免疫球蛋白M增高。由于缺乏特異性形態(tài)學(xué)、免疫表型或染色體特征，需要在排除其他小B細(xì)胞淋巴瘤后做出診斷。

盡管罕見，但近年來，隨著MYD88和CXCR4基因高頻突變的鑒定，我們對(duì)該疾病生物學(xué)的了解改善。超過90%的LPL/MW患者攜帶MYD88L265P突變。不過，這對(duì)于診斷非必要，不具有特異性，可見于其他B細(xì)胞淋巴瘤，例如非生發(fā)中心型（GC）DLBCL、CLL、脾邊緣區(qū)淋巴瘤、原發(fā)性皮膚DLBCL、腿型DLBCL、原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)DLBCL或睪丸DLBCL。然而，兩種突變同時(shí)出現(xiàn)高度提示LPL/WM。MYD88L265P通過BTK觸發(fā)腫瘤細(xì)胞生長，BTK是伊布替尼的靶標(biāo)。CXCR4突變見于30%的LPL/WM患者，與較短的無治療生存期相關(guān)，并導(dǎo)致對(duì)伊布替尼的耐藥性。MYD88和CXCR4突變患者的疾病表現(xiàn)和對(duì)伊布替尼治療的反應(yīng)存在差異：有MYD88L265P、無CXCR4突變患者的總體緩解率為100%，共突變患者為85.7%，無突變患者為71.4%。

其他分子變異包括6q缺失（40%-60%的患者）、PRDM2和BTG1（約90%的患者）、HIVEP2、MKLN1、PLEKHG1、LYN、ARID1B、FOXP1和ARID1A突變。分子突變?cè)\斷方法，特別是NGS，有助于完善LPL/WM的診斷標(biāo)準(zhǔn)。除了輔助診斷，分子檢測(cè)還可用于LPL/WM的風(fēng)險(xiǎn)分層和治療計(jì)劃。

邊緣區(qū)淋巴瘤

邊緣區(qū)淋巴瘤（MZL）是一組起源于邊緣區(qū)B淋巴細(xì)胞的惰性B細(xì)胞淋巴瘤。主要為脾MZL（SMZL），伴或不伴絨毛淋巴細(xì)胞、淋巴結(jié)MZL（NMZL）和黏膜相關(guān)淋巴組織結(jié)外MZL（EMZL或MALT）。這些是不同的臨床亞型，具有特定的診斷標(biāo)準(zhǔn)和不同的遺傳特征、臨床行為和治療意義。MZL約占淋巴結(jié)邊緣區(qū)GC后記憶B細(xì)胞起源的所有NHL的10%。有研究探索了MZL的基因圖譜，揭示了不同亞型的突變基因存在相當(dāng)大的重疊。

SMZL中廣泛突變的基因是KLF2和NOTCH2。TP53和NOTCH1突變也較為常見。另外還有導(dǎo)致NF-κB通路激活的TNFAIP3、CARD11、MYD88（p.265熱點(diǎn)外）或TRAF3突變，以及KMT2D、ARID1A和SIN3A等染色質(zhì)重塑基因突變。超過30%的脾MZL伴有7q31-32缺失。

NMZL和SMZL有幾個(gè)共同的變異。3號(hào)和18號(hào)染色體三體見于約 25%的SMZL和NMZL患者。NMZL的突變譜顯示其他常見克隆異常，如7和12三體以及6q缺失。突變分析識(shí)別了KLF2，PTPRD，KMT2D，NOTCH2，LRP1B，TET2和TNFRSF14突變。NMZL中其他相對(duì)少見的分子變異包括BRAF，EZH2和HIST1H1E突變。

EMZL/MALT的發(fā)病機(jī)制與幾種高頻染色體異常有關(guān)，例如3、12、18三體，見于20-30%的患者。EMZL中幾種染色體易位也較常見。常見的是t（11;18）（p21;q21），導(dǎo)致BIRC3和MALT1之間產(chǎn)生功能性嵌合融合產(chǎn)物。該易位與對(duì)抗生素的反應(yīng)率低、幽門螺桿菌陰性、更晚期的疾病以及轉(zhuǎn)化為DLBCL的風(fēng)險(xiǎn)較低有關(guān)。該易位對(duì) EMZL具有特異性，在SMZL或NMZL中尚未報(bào)告。其他常見的易位包括t（3;14）（p14;q32）（FOXP1::IGH），見于約10%的EMZL患者；t（14;18）（q32;q21）（IGH::MALT1），存在于15-20%的非胃腸道EMZL中；t（1;14）（p22;q32）（BCL10::IGH）是一種罕見的易位，見于1-2%的EMZL。EMZL中有TNFAIP3（A20）所在染色體區(qū)域6q23純合缺失的報(bào)道，可能通過誘導(dǎo)組成型NF-κB活化來促進(jìn)淋巴瘤發(fā)生。MYD88突變可見于眼附屬器MALT淋巴瘤（5%的患者），可激活NF-κB、STAT3和AP1轉(zhuǎn)錄因子。除了TNFAIP3和MYD88突變外，還發(fā)現(xiàn)了其他NF-κB調(diào)節(jié)因子變異（CD79A、CD79B、CARD11、BIRC3、TRAF3和TNFRSF11A）。上述參與NF-κB通路激活的高頻分子變異是MALT淋巴瘤的潛在治療靶點(diǎn)。

濾泡性淋巴瘤

濾泡性淋巴瘤（FL）是一種起源于GC B細(xì)胞的惡性腫瘤，是常見的惰性B細(xì)胞淋巴瘤。FL仍然是一種無法治的惡性腫瘤，但OS可能達(dá)20年。FL的一個(gè)關(guān)鍵標(biāo)志是t（14;18）（q32;q21）IGH::BCL2易位，這是其腫瘤發(fā)生過程中的第一次打擊。新的WHO和ICC分類列出了獨(dú)特的FL亞型，如原位濾泡性B細(xì)胞腫瘤，十二指腸型FL，原發(fā)性皮膚濾泡細(xì)胞淋巴瘤，兒童型FL和睪丸FL。