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利用“拼寫檢查”基因序列的新方法

文章來源：銳進(jìn)醫(yī)療器械信息網(wǎng)發(fā)布日期：2012-06-19瀏覽次數(shù)：36770

   來自澳大利亞昆士蘭大學(xué)的科學(xué)家發(fā)明一種快速，可靠，簡(jiǎn)便的糾錯(cuò)方法，可如同計(jì)算機(jī)檢查文字拼寫錯(cuò)誤那樣，發(fā)現(xiàn)基因測(cè)序過程中產(chǎn)生的擴(kuò)增序列DNA代碼錯(cuò)誤。這項(xiàng)成果發(fā)表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法學(xué)》Nature Methods上。

　　新方法編制的軟件稱為“刺槐（Acacia）”，特別適用于分析微生物基因的重要片段——擴(kuò)增子?；驕y(cè)序儀閱讀DNA堿基代碼的四個(gè)字母表：As，Cs，Ts和Gs，并拼寫出不同生物體的基因后，“刺槐”軟件分析輸出結(jié)果。“刺槐”通過使用似然性的統(tǒng)計(jì)理論分析DNA的特定堿基序列，而這些堿基常常在基因測(cè)序中被錯(cuò)誤地添加或刪除。該方法集成了計(jì)算機(jī)科學(xué)，統(tǒng)計(jì)學(xué)和生物學(xué)，屬生物信息學(xué)范疇。

　　當(dāng)前，冗長(zhǎng)的A，C，G，T代碼引起的機(jī)器錯(cuò)誤常常導(dǎo)致生物學(xué)家們誤解基因的種類，誤解諸如來自污水處理廠、海洋、甚至我們的腸道樣本中可能存在的微生物種類。為此，科學(xué)家們主要使用雙誤差校正軟件進(jìn)行校正。同這些工具相比，“刺槐”不僅具有明顯的優(yōu)勢(shì)，而且便于使用。