Sanger測序除了序列測定還有什么用途

Sanger測序法即雙脫氧鏈末端合成終止法（chain termination method），是經(jīng)典的DNA一代測序方法，在DNA復(fù)制過程中摻入雙脫氧核苷三磷酸（ddNTP）作為測序反應(yīng)的鏈終止劑，產(chǎn)生一系列末端終止的DNA鏈，能通過電泳按長度分辨。不同末端終止DNA鏈的長度是由摻入到新合成鏈上隨機(jī)位置的ddNTP決定的，根據(jù)待測序列區(qū)的長度、所要求的測序精確度，采用四種熒光染料標(biāo)記終止物ddNTP或引物，經(jīng)Sanger測序反應(yīng)后得到所目的的堿基序列。

那除了序列測定外，還有哪些用途呢？ 毛細(xì)管電泳（CE）其實(shí)就是凝膠電泳的升級(jí)版，分辨率更高而已，所以可以用于片段分析。檢測原理：在靶向擴(kuò)增引物的5‘端標(biāo)記各色熒光，對(duì)靶向產(chǎn)物進(jìn)行擴(kuò)增，對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行片段分析，通過各色熒光計(jì)片段大小來區(qū)分目標(biāo)基因或序列。

微衛(wèi)星標(biāo)記(Microsatellite),也稱為短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)或簡單重復(fù)序列(SSR)，是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復(fù)序列。1-5個(gè)核苷酸為重復(fù)單位串聯(lián)組成核心序列，重復(fù)數(shù)為10~20，核心序列兩側(cè)是較保守的側(cè)翼序列，可在此處設(shè)計(jì)微衛(wèi)星引物。

微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instablility，MSI）是指由于復(fù)制錯(cuò)誤（replication error，RER）引起的簡單重復(fù)序列的增加或丟失，也稱RER陽性或RER表型。1993年，Altonen等發(fā)現(xiàn)，在HNPCC細(xì)胞中存在高頻率的MSI后，又有很多學(xué)者在多種腫瘤中發(fā)現(xiàn)MSI。MSI作為腫瘤遺傳不穩(wěn)定一個(gè)敏感的檢測指標(biāo)已逐漸被大家接受。

單核苷酸多態(tài)性主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90%以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每300個(gè)堿基對(duì)中就有1個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)300萬個(gè)甚至更多。

ABI毛細(xì)管電泳（CE）方法用途廣泛，為何漸漸被遺忘，我想主要有以下因數(shù)：基于引物擴(kuò)增的方法，使用重復(fù)堿基引物擴(kuò)增的效率較低，多重?zé)晒夥▽?duì)引物要求較高，特異性要好，可使用的熒光信號(hào)少，同時(shí)可檢測的片段較少，通量低。此外檢測分辨率上，對(duì)于1-2個(gè)堿基偏差敏感度較低，很多時(shí)候難以區(qū)分。雖然有很多缺點(diǎn)，如果試劑性能良好的情況下，相較操作較為簡單，快速，硬件要求低，檢出結(jié)果準(zhǔn)確度高、實(shí)驗(yàn)成本也低。