昆明動(dòng)物所發(fā)現(xiàn)裸鼴鼠的抗癌特性與長(zhǎng)鏈非編碼RNA密切相關(guān)

近日，中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所孔慶鵬課題組研究發(fā)現(xiàn)裸鼴鼠的抗癌特性與長(zhǎng)鏈非編碼RNA密切相關(guān)，相關(guān)成果發(fā)表在《表觀遺傳學(xué)與染色質(zhì)》（Epigenetics & Chromatin）上（點(diǎn)擊左下角閱讀原文）。昆明動(dòng)物所博士研究生江建軍為文章的作者，研究員孔慶鵬和副研究員何永捍為文章的并列通訊作者。
裸鼴鼠（Heterocephalus glaber）是嚙齒類動(dòng)物中名副其實(shí)的長(zhǎng)壽之星，其壽命可長(zhǎng)達(dá)30年，而一般小鼠及大鼠的壽命僅有2~3年。此外，裸鼴鼠還具有天然的抗癌特性，因此裸鼴鼠在長(zhǎng)壽和腫瘤研究領(lǐng)域受到極其廣泛的關(guān)注。長(zhǎng)鏈非編碼RNA（LncRNA）被定義為長(zhǎng)度大于200bp而不具備編碼蛋白潛能的轉(zhuǎn)錄本，過(guò)去認(rèn)為lncRNA只是基因組中的“junk DNA”，如今發(fā)現(xiàn)lncRNA不僅能精確調(diào)控發(fā)育和基因表達(dá)，更是與諸多老年疾?。ㄈ缋夏臧V呆、腫瘤等）的發(fā)生息息相關(guān)。在過(guò)去，由于技術(shù)的限制以及l(fā)ncRNA序列在物種間呈現(xiàn)低保守性等原因，lncRNA的鑒定和分析都存在較多的困難。然而，二代測(cè)序技術(shù)以及生物信息學(xué)的快速發(fā)展使得我們可以快速、準(zhǔn)確地挖掘不同物種的lncRNA序列，并對(duì)其功能進(jìn)行有效的預(yù)測(cè)。
孔慶鵬課題組以裸鼴鼠為研究對(duì)象，建立了一套嚴(yán)格的lncRNA鑒定流程，從裸鼴鼠基因組中成功鑒定出4，422條高質(zhì)量lncRNA，并發(fā)現(xiàn)裸鼴鼠的lncRNA具有表達(dá)豐度低、組織特異性強(qiáng)及保守性低等特點(diǎn)；通過(guò)共表達(dá)分析對(duì)裸鼴鼠的lncRNA功能進(jìn)行預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)大約61.93%的裸鼴鼠lncRNA與抑癌基因表達(dá)高度相關(guān)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，裸鼴鼠的lncRNA與透明質(zhì)酸相關(guān)基因存在較高的共表達(dá)關(guān)系，而透明質(zhì)酸已被證實(shí)是裸鼴鼠具備抗癌特性的關(guān)鍵物質(zhì)。該結(jié)果提示，裸鼴鼠的lncRNA可能通過(guò)調(diào)控透明質(zhì)酸的生成，使得其擁有天然的抗癌特性。
該項(xiàng)目得到了科技部“973”項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金及中科院等研究基金項(xiàng)目的支持。

通過(guò)lncRNA的位置信息來(lái)預(yù)測(cè)裸鼴鼠差異表達(dá)lncRNA的功能